藍眼淚生態館位於南竿,是專門介紹馬祖海域「藍眼淚」生態現象的展示場所,以多媒體、燈光與模擬環境呈現夜間海面發光的自然奇景。館內提供藍眼淚的生成機制、生活環境、季節性變化與觀賞安全知識,讓旅客在白天即可深入認識這項著名的海洋生物現象。此處也是規劃賞淚行程前的最佳起點,讓遊客能以更科學、正確的方式欣賞馬祖的海上藍光。